Pour devenir une "Death Scyth", les "armes demoniaques" qui ont une apparence humaine doivent se repaitre de 99 âmes de démon et d'une âme de sorcière. Ces armes sont pour cela accompagnées de Meister qui les manipule pour la chasse aux âmes. A Shibusen, une école pour jeune Meister dirigée par le grand Shinigami, Maka et Soul poursuivent ce but.

Ils seront bientot rejoint par d'autre Meister et leurs armes : Black Star un jeune ninja qui ne cherche qu'a se faire remarquer avec son arme Tsubaki, Death the Kid le fils de Shinigami qui est un maniaque de la symétrie avec ses deux armes Liz et Patty, deux soeur qui se tranforment en revolvers.

Mais de nombreux obstacles leur barre la route, à commencer par les sorcières...